El trabajo de esta subdirección parte de la experiencia y trayectoria de programas como Fondecyt, a la que se sumará, en un futuro cercano, otros instrumentos del actual ecosistema de Ciencia, Tecnología e Innovación. Su desafío principal es implementar un modelo de gestión, que permita abordar los siguientes objetivos:

1. Financiar investigación científico-tecnológica de excelencia y con impacto tanto a nivel global como local.
2. Favorecer y fortalecer la diversidad disciplinar, institucional, regional y de género permitiendo su integración coherente en el sistema de ciencia, tecnología e innovación.
3. Promover la transparencia e independencia de la toma de decisiones en el proceso de evaluación y seguimiento técnico de los proyectos de investigación.
4. Garantizar la continuidad operacional y de financiamiento de la ciencia de excelencia promoviendo la modernización, flexibilidad y agilidad para la nueva institucionalidad.
5. Articular el financiamiento de proyectos de investigación científico-tecnológica en todas las áreas del conocimiento con la Dirección de Redes, Estrategia y Conocimiento, para fomentar el acceso, transferencia y uso del conocimiento que sus líneas generen.

Esta subdirección reúne bajo una mirada estratégica institucional y transversal a los siguientes instrumentos: Concurso Nacional de Proyectos Fondecyt Regular, Concurso de Iniciación en Investigación y el Concurso Fondecyt de Postdoctorado.